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植物ゲノム進化研究チーム

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チームリーダー
市田 裕之Hiroyuki ICHIDAPh.D.
略歴
  • 2003年明治大学農学部農学科 卒業
  • 2005年明治大学大学院農学研究科 農学専攻 博士前期課程 修了
  • 2008年千葉大学大学院自然科学研究科 多様性科学専攻 博士後期課程 修了
  • 2008年理化学研究所 仁科加速器研究センター 生物照射チーム リサーチアソシエイト
  • 2009年日本学術振興会 特別研究員SPD(明治大学農学部)
  • 2010年米国・スタンフォード大学 Department of Biology Postdoctoral scholar/Visiting scholar
  • 2013年日本学術振興会 海外特別研究員
  • 2015年理化学研究所 仁科加速器研究センター 生物照射チーム 協力研究員
  • 2019年同 仁科加速器科学研究センター 生物照射チーム 開発研究員
  • 2020年同 仁科加速器科学研究センター 植物ゲノム進化研究チーム チームリーダー

研究室プロフィール

植物と微生物は有史以前から切磋琢磨しながら共に進化し、私たちの生活に欠かせないものとなっています。重イオンビームを植物や微生物に照射すると、塩基置換のような小さな変異から染色体レベルの大規模な構造変異に至る多様な変異が誘発され、いわば人工的に進化を加速することができます。私たちは近年飛躍的な進歩を遂げているゲノムシーケンシングの技術を変異ゲノム解析に応用することで、重イオンビーム変異誘発の効率を飛躍的に向上する「突然変異育種2.0」を確立し、農作物や産業微生物の品種改良に貢献します。

主要論文

  1. Tabassum, R., Dosaka, T., Ichida, H., Morita, R., Ding, Y., Abe, T., and Katsube-Tanaka, T.
    “FLOURY ENDOSPERM11–2 encodes plastid HSP70-2 involved with temperature dependent chalkiness of rice (Oryza sativa L.) grains”
    The Plant Journal, 103, 604–616, 2020.
  2. Oono, Y., Ichida, H., Morita, R., Nozawa, S, Satoh, K., Shimizu, A., Abe, T., Kato, H., and Hase, Y.
    “Genome sequencing of ion-beam-induced mutants facilitates detection of candidate
    genes responsible for phenotypes of mutants in rice”
    Mutation Research/Fundamental and Molecular Mechanisms of Mutagenesis, 821, 111691, 2020.
  3. Morita, R.†, Ichida, H.†, Ishii, K., Hayashi, Y., Abe, H., Shirakawa, Y., Ichinose, K., Tsuneizumi, K., Kazama, T., Toriyama, K., Sato, T., and Abe, T. †equally contributed co-first authors
    “LONG GRAIN 1: a novel gene that regulates grain length in rice”
    Molecular Breeding, 39, article number 135 (8 pp), 2019.
  4. Ichida, H., Morita, R., Shirakawa, Y., Hayashi Y., Abe, T.
    “Targeted exome sequencing of unselected heavy-ion beam-irradiated populations reveals less-biased mutation characteristics in the rice genome”
    The Plant Journal, 98, 301–314, 2019.
  5. Ichida, H. and Abe, T.
    “An improved and robust method to efficiently deplete repetitive elements from complex plant genomes”
    Plant Science, 280, 455–460, 2019.
  6. Murata, H., Abe, T., Ichida, H., Hayashi, Y., Yamanaka, T., Shimokawa, T., and Tahara, K.
    “Heavy-ion beam mutagenesis of the ectomycorrhizal agaricomycete Tricholoma matsutake that produces the prized mushroom ‘matsutake’ in conifer forests”
    Mycorrhiza, 28, 171–177, 2018.
  7. Yamamoto, Y.Y., Ichida, H., Hieno, A., Daich, O., Tokizawa, M., Nomoto, M., Tada, Y., Kusunoki, K., Koyama, H., and Hayami, N.
    “Prediction of bipartite transcriptional regulatory elements using transcriptome data of Arabidopsis”
    DNA Research, 24, 271–278, 2017.
  8. Sato, Y., Hirano, T., Ichida, H., Murakami, M., Fukunishi, N., Abe, T., and Kawano, S.
    “Morphological and physiological differences among cultivation lines of Undaria pinnatifida in a common garden experiment using a tank culture system”
    Journal of Applied Phycology, 29, 2287–2295, 2017.
  9. Ichida, H. and Long, S.R.
    “LDSS-P: an advanced algorithm to extract functional short motifs associated with coordinated gene expression”
    Nucleic Acids Research, 44, 5045–5053, 2016.
  10. Ichida, H., Matsuyama, T., Ryuto, H., Hayashi, Y., Fukunishi, N., Abe, T., and Koba, T.
    Molecular characterization of microbial mutations induced by ion beam irradiation
    Mutation Research, 639, 101–107, 2008.